BaseCamp --- 用于自动化 DNA 测序数据管道的代理人工智能框架

arXiv:2609.28557v1 公告类型：新 摘要：DNA 测序流程（涵盖质量控制、比对、变异调用和注释）现在由工作流程管理系统可靠地执行，该系统大规模协调已建立的生物信息学工具。仍然需要手动执行的是围绕该执行的决策层：选择适合样本和平台的质量阈值、裁定边界变异调用、诊断异常以及确定哪些结果值得专家审查。这些决策是重复性的、判断密集型的、操作员之间不一致的，并且常常没有记录。本文介绍了 BaseCamp，这是一种新颖的代理 AI 框架，用于自动化 DNA 测序流程的决策层。该框架将管道分解为六个专门的人工智能代理，涵盖样本摄入和质量控制、比对、变异调用、注释、跨阶段监控和报告。重要的是，BaseCamp 代理不执行序列分析：已建立的工具执行比对、调用和注释，而代理在其中进行选择、配置它们、解释它们的输出并决定接下来的内容。这将语言模型推理限制在可靠的判断层，并保留了现有工具保证的可重复性。代理推理由经过微调的、领域专用的大型语言模型联盟提供支持，该模型由中央推理法学硕士协调，在人机循环编排下在本地执行，因此不会有任何排序数据离开操作环境。评估表明，代理生成的配置与专家实践一致，显式过滤分类账使过滤删除的内容变得可检查，而不会留下痕迹，并且跨阶段异常检测表面条件执行监控未命中。 BaseCamp 为科学数据管道的代理自动化提供了一个通用的蓝图。