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GitHub 热门项目：alphafold3-pytorch
2026-06-19
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GitHub 项目：alphafold3-pytorch
仓库地址：https://github.com/lucidrains/alphafold3-pytorch
星级：1672 | 作者：lucidrains
项目描述：在 Pytorch 中实现 Google Deepmind 的 Alphafold 3
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自述文件内容：
## Alphafold 3 - Pytorch
在 Pytorch 中实现 Alphafold 3
您可以[此处](https://discord.gg/Xsq4WaBR9S)与其他研究人员讨论这项工作
论文评论，作者：Sergey
图解指南，作者：Elana P. Simon
Max Jaderberg 的演讲
Alex 正在此存储库 维护一个完全支持 Lightning + Hydra 的分叉
您可以在此处查看存储库中使用的生命分子的可视化并进行互动
Hoa La 和 Ahan Gupta 的 [MegaFold](https://github.com/Supercomputing-System-AI-Lab/MegaFold/) 提供了利用 Triton 内核的优化版本
## 欣赏
- Joseph 贡献了相对位置编码和平滑 LDDT 损失！
- Felipe 贡献了加权刚性对齐、帧内表达坐标、计算对齐误差和中心随机增强模块！
- Alex 用于修复转录算法中的各种问题
- Heng 指出与论文不一致的地方并请求解决方案
- Heng 发现直方图损失的分子原子索引问题
- Wei Lu 发现了一些错误的超参数
- Alex 用于 PDB 数据集准备脚本！
- Milot 用于优化 PDB 数据集聚类脚本！
- Alex 基本上编写了从解析 PDB 一直到用于训练的分子和原子输入的整个庞大流程
- Andrei 致力于加权 PDB 数据集采样！
- Jimin 针对坐标传递到 `WeightedRigidAlign` 的问题提交了一个小修复
- @xluo233 贡献了置信度测量、冲突惩罚排名和示例排名逻辑！
- sj900 用于在“PDBDataset”中集成和测试“WeightedPDBSampler”，并添加对 MSA 和模板解析的初始支持！
-
阅读原文
## Alphafold 3 - Pytorch
在 Pytorch 中实现 Alphafold 3
您可以[此处](https://discord.gg/Xsq4WaBR9S)与其他研究人员讨论这项工作
论文评论，作者：Sergey
图解指南，作者：Elana P. Simon
Max Jaderberg 的演讲
Alex 正在此存储库 维护一个完全支持 Lightning + Hydra 的分叉
您可以在此处查看存储库中使用的生命分子的可视化并进行互动
Hoa La 和 Ahan Gupta 的 [MegaFold](https://github.com/Supercomputing-System-AI-Lab/MegaFold/) 提供了利用 Triton 内核的优化版本
## 欣赏
- Joseph 贡献了相对位置编码和平滑 LDDT 损失！
- Felipe 贡献了加权刚性对齐、帧内表达坐标、计算对齐误差和中心随机增强模块！
- Alex 用于修复转录算法中的各种问题
- Heng 指出与论文不一致的地方并请求解决方案
- Heng 发现直方图损失的分子原子索引问题
- Wei Lu 发现了一些错误的超参数
- Alex 用于 PDB 数据集准备脚本！
- Milot 用于优化 PDB 数据集聚类脚本！
- Alex 基本上编写了从解析 PDB 一直到用于训练的分子和原子输入的整个庞大流程
- Andrei 致力于加权 PDB 数据集采样！
- Jimin 针对坐标传递到 `WeightedRigidAlign` 的问题提交了一个小修复
- @xluo233 贡献了置信度测量、冲突惩罚排名和示例排名逻辑！
- sj900 用于在“PDBDataset”中集成和测试“WeightedPDBSampler”，并添加对 MSA 和模板解析的初始支持！
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