ProHiFlo：分层流程匹配与从头蛋白质生成的功能指导

arXiv:2606.11243v1 公告类型：新 摘要：从头蛋白质生成在治疗设计、酶工程和合成生物学方面具有变革潜力。虽然基于扩散和流量匹配的方法已经取得了进展，但它们通常在单一分辨率下运行，并且缺乏合并功能约束的机制。我们引入了 ProHiFlo，这是一种具有三项创新的分层流匹配框架：（1）从粗到细的生成，在细化到全原子坐标之前对骨干几何结构进行建模，从而在保持准确性的同时降低计算成本； (2) 功能指导利用预训练的预测器来引导一代人实现所需的属性，而无需重新训练； (3) 用于高效多尺度处理的自适应SE(3)等变架构。无条件生成、基序支架和功能设计的实验展示了最先进的性能，同时减少了 4 个采样步骤。在酶活性位点支架上，ProHiFlo 的成功率达到 58.9%，而 RFDiffusion 的成功率为 41.2%。